USPEX 10.5 manual

TPS方法的Input设置

目前TPS方法值只能和LAMMPS和CP2K软件一起使用。

为了打开TPS模式,你必须:

  1. 设置

    TPS : calculationMethod

  2. Seeds/文件夹中创建分子动力学重启文件lammps.restart(for LAMMPS)或者cp2k.restart(for CP2K)。

  3. 创建一个序参数计算脚本或者使用USPEX默认的fingerprints(详细说明见下文)。

  4. 指定以下TPS选项:

\(\triangleright \) variable numIterations

Meaning: TPS步数的最大值.

Default: 1000

Format:

500 : numIterations

\(\triangleright \) variable speciesSymbol

Meaning: 描述所有化学种类(原子或分子)的特性.

Default: 无默认 值

Format:

% speciesSymbol
CH4 Si O
% EndSpeciesSymbol

注意: 在TPS中,我们用speciesSymbolnumSpecies代替atomType来表示分子组成的种类。比如,我们可以用:

% numSpecies
1 648 1296
% EndNumSpecies

% speciesSymbol
CH4 Si O
% EndSpeciesSymbol

来研究甲烷分子(CH\(_4\))在二氧化硅沸石(SiO\(_{2}\))中的扩散。在这个例子中,甲烷分子将被看做 整体写入LAMMPS的MD input文件中。

\(\triangleright \) variable mass

Meaning: 每个种类的质量。

Default: 默认值和种类有关

Format:

% mass
16.000
% EndMass

\(\triangleright \) variable amplitudeShoot

Meaning: 在shooting运算中为A\(\rightarrow \)B 和B\(\rightarrow \)A 方向分配的动量的振幅

Default: 0.1 0.1

Format:

% amplitudeShoot
0.12 0.12
% EndAmplitudeShoot

\(\triangleright \) variable magnitudeShoot

Meaning: 当获取MD轨迹成功或失败时,分别增加或减少分配的动量 振幅的大小。

Default: 1.05 1.05

Format:

% magnitudeShoot
1.0 1.05
% EndMagnitudeShoot

注意: 除非用户对特殊体系有经验,否则我们强烈建议 用这个选项自动适应动量振幅的分配。

\(\triangleright \) variable shiftRatio

Meaning: shooter操作成功后又进行移动操作的比例。

Default: 0.1

Format:

0.5 : shiftRatio

\(\triangleright \) variable orderParaType

Meaning: 区分不同相的有序参数计算方法:

  • “0” — 用户定义计算有序参数的方法,需在cmdOrderParameter提供一个脚本;

  • “1” — 指纹法 (Oganov & Valle, 2009).

Default: No default

Format:

0 : orderParaType

\(\triangleright \) variable opCriteria

Meaning: 这里有两个值分别说明对与初始和最终态相似的容许程度。 如果一个或两个轨迹导致不同的最终结构,这样的轨迹在TPS法中将被遗弃。

Default: 无默认值

Format:

% opCriteria
-0.1 0.1
% EndOpCriteria

Note: 如果用指纹法,体系越大,就该有越严格的环境。 例如,当当研究fcc\(\rightarrow \)hcp的相变时,如果有1000个原子时,应 设opCriteria=[ 0.995, 0.995 ];当超过3000个原子时, opCriteria=[ 0.998, 0.998 ]。

\(\triangleright \) variable cmdOrderParameter

Meaning: 用户定义要求计算有序参数。如果用指纹法时就不用。

Default: 无默认 值

Format:

% cmdOrderParameter
./extractOp.sh
% EndCmdOrderParameter

\(\triangleright \) variable cmdEnthalpyTempture

Meaning: 用户自定义命令从MD结果提取焓和温度。

Default: No default

Format:

% cmdEnthalpyTempture
./extractHT.sh
% EndCmdEnthalpyTempture

\(\triangleright \) variable orderParameterFile

Meaning: 一个MD计算的文件,存储有序参数历史以便TPS读取。

Default: fp.dat

Format:

op.dat : orderParameterFile

\(\triangleright \) variable enthalpyTemptureFile

Meaning: 一个MD计算的文件,存储焓和稳定历史以便TPS读取或用户定义脚本的分析。

Default: HT.dat

Format:

HT0.dat : enthalpyTemptureFile

\(\triangleright \) variable trajectoryFile

Meaning: 存储MD轨迹文件。这个文件名需和MD轨迹的output文件名计算一致。

Default: traj.dat

Format:

trajectory.xyz : trajectoryFile

\(\triangleright \) variable MDrestartFile

Meaning: 存储计算MD重启文件以便TPS读取。这个名字需和MD新建文件 在计算中的名字一致。

Default: traj.restart

Format:

lammps0.restart : MDrestartFile