USPEX 10.5 manual

计算类型

\(\triangleright \) variable calculationMethod

Meaning: 计算方法

可选值(特性):

  • USPEX — 进化算法晶体结构预测

  • META — 进化赝动力学模拟

  • VCNEB — 用变晶胞微动弹性方法确定相变路径

  • PSO — 修正的PSO算法

  • TPS — 相变路径抽样方法

  • MINHOP — 最小跳跃方法

  • COPEX — 协同式进化算法晶体结构预测,用于可靠地预测三元体系变成分结构模拟

Default: USPEX

Format:

USPEX: calculationMethod

\(\triangleright \) variable calculationType

Meaning:

计算类型:
即,明确预测体晶或纳米团簇或表面结构等,该参数由四部分组成,包括 结构维度体系涉及分子与否成分可变与否,以及“s” or “S”表示自旋状态选项:

  • 结构维度:

    • “3” — 体材料

    • “2” — 表面, “-2” — 二维晶体

    • “1” — 聚合物

    • “0” — 纳米粒子

  • 分子状态:

    • “0” — 无分子体系

    • “1” — 分子体系

  • ?在计算中化学组成的变化:

    • “0” — 定成分

    • “1” — 变成分

  • magnetic calculation :

    • “s” or “S” – 考虑自旋计算

Default: 300

Format:

301: calculationType

注意: 如果calculationType=310,意味着,你将预测分子晶体,然后 USPEX希望你提供含有所有的分子类型的分子几何体的MOL_1MOL_2, …这些分子将被安置在新的几何结构中。有效的选择:300(s300),301(s301), 310,311,000(s000),200(s200),201(s201),-200(-s200),-201(-s201),110。

\(\triangleright \) variable optType

Meaning: 用户可以通过这个值来定义优化函数。对于焓值(自由能)和体积,默认设置是寻找最小值;对于其它optTypes,默认设置是寻找最大值。你可以根据需求自主更改寻找最大还是最小值。你也可以用某个目标值来优化性质(例如,对太阳能光伏来说,寻找带隙接近于1.34 eV的材料是很有吸引力的)。

可能的值(特征):

Value

Number

Description

enthalpy

1

预测稳定结构

volume

2

最小体积(每原子)

   

(找到最密结构)

hardness

3

最大硬度

   

(找到最硬相)

struc_order

4

最有序结构

   

(发现最有序结构)

density

5

最大密度

diel_sus

6

最大介电常数

   

(仅适用于VASP和GULP)

bandgap

7

最大带隙

   

(仅适用于VASP)

diel_gap

8

最大电容量

   

(仅适用于VASP)

mag_moment

9

最大磁化强度(例如,每体积磁矩最大)

   

(仅适用于VASP)

quasientropy

10

最大结构准熵值

birefringence

11

最大双折射率(最大及最小反射率差值最大)

HalfMetalicity

12

maximization halfmetalicity parameter (only for VASP)

ZT

14

最大热电品质因子

Fphon

17

最小自由能(有限温度)

与弹性力学相关的性质 (“11**”):

序号

说明

K, 体积弹性模量

1101

体弹性模量最大化

G, 剪切模量

1102

剪切模量最大化

E, 杨氏模量

1103

杨氏模量最大化

v, 泊松比

1104

泊松比最大化

G/K, Pugh模量比

1105

Pugh模量比最大化

Hv, 维氏硬度

1106

维氏硬度最大化

Kg, 断裂韧性

1107

断裂韧性最大化

D, 德拜温度

1108

德拜温度最大化

Vm, 声速

1109

声速最大化

S-波速

1110

S-波速最大化

P-波速

1111

P-波速最大化

注意: 与弹性力学相关的性质的计算仅仅适用于VASP (从VASP5.1开始)和GULP。对于VASP用户, 需要在Specific/文件夹中增加至少一个INCAR_* 文件, INCAR_*文件应该包括的参数有IBRION=6, ISIF\(\geq \)3和 NFREE=4。 体积弹性模量剪切模量和杨氏模量的估计值是Voigh-Reuss-Hill(VRH) 的平均值。注意这样算出的弹性性质数值上可能不稳定,用户需要小心检查结果。用户也可以使用另外一种方法计算弹性模量 — machine learning模型。

Users also can perform the calculation of the elastic properties using Machine Learing (ML) approach, where the elastic moduli are computed using a graph convolutional neural network 18 and then hardness and fracture toughness are evaluated with the Mazhnik-Oganov model 19 .

ML-based elasticity-related properties (”12**”):

Value

Number

Description

K, Bulk Modulus

1201

maximization of bulk modulus

G, Shear Modulus

1202

maximization of shear modulus

E, Young’s Modulus

1203

maximization of Young’s modulus

v, Poisson’s ratio

1204

maximization of Poisson’s ratio

G/K, Pugh’s modulus ratio

1205

maximization of Pugh’s modulus ratio

Hv, Vickers hardness

1206

maximization of Vickers hardness

Kg, Fracture toughness

1207

maximization of fracture toughness

注意: 断裂韧性的公式只对绝缘体有效(以及 carbides, borides, hydrides)

Default: enthalpy

Format:

% optType
enthalpy (equivalent to Min_enthalpy)
% EndOptType

另外一个例子:

% optType
Min_(bandgap-1.34)^2
% EndOptType

需要注意的是在后一个例子里,我们优化的optType变量是一个数学表达式。数学表达式应该在圆括号内,同时应该是有效的MATLAB表达形式。完整的表达(包括 min_ and max_ 在内) 应该是一个整体,不要在整个表达式里填入空格。例如“( bandgap - 1.3 ) ^2"或者 min_ (bandgap-3)都是无效的形式。

在当前USPEX版本,我们增加了多目标函数(Pareto)优化功能,optType变量设置可以如下:

% optType
3 1
% EndOptType

或者

% optType
max_Hardness enthalpy
% EndOptType

在进行多目标函数优化时,有必要先仅基于焓值进行结构搜索,然后再进行多种性质的Pareto优化。相关设置如下:

% optType
3 6 [5]
% EndOptType

或者 % optType
max_Hardness min_Diel_sus [5]
% EndOptType

该设置表示,你将按照最大硬度以及最小介电常数进行结构搜索,前5代结构搜索是仅基于焓值进行优化的,从第6代结构搜索开始,切换至Pareto优化。

Fig. ??显示了以最大硬度作为优化函数(optType=hardness),寻找最硬的TiO\(_2\)晶体结构。结果显示,TiO\(_2\)结构可能的最大硬度仅为14GPa 20 ,反驳了Dubrovinsky(2001)关于TiO\(_2\)是超硬材料的结论 21 。这个例子表明通过一个简单的USPEX结构预测就可能解决长期存在的争论。

Fig. ??是以最大硬度和最小焓值同时作为优化函数进行结构预测 ,显示了结构稳定性和硬度的相互制约关系。

\includegraphics[scale=0.18]{pic/hardness_example}
Predictions of the hardest structure of TiO\(_2\).
\includegraphics[scale=0.18]{pic/Pareto_hardness_enthalpy}
Pareto optimization of hardness ans stability in the Cr-B system, showing several Pareto fronts .

注意: 如果optType=bandgap(带隙)或diel_gap(电介质带隙), 这里的带隙我们使用的是一个扩展函数,这个扩展函数对于金属表现出连续性。 —也就是说, \(\Delta E_g - g(E_F)/N\),\(\Delta E_g\)是带隙,\(g(E_F)\)是在费米能级处 的态密度(对金属而言),而N是单胞内的原子数。由于这个扩展函数的连续性, 与带隙相关量的全局最大化甚至可以用于解决金属的问题。 对金属而言,这个值等于费米能级处的态密度。对于半导体和绝缘体而言这个值等于带隙。

\(\triangleright \) variable atomType

Meaning: 描述每种原子的类型。

Default: 无,必须明确给出

Format:

如果你喜欢用门捷列夫元素周期表的原子序数,请设置:

% atomType
12 14 8
% EndAtomType

或者你可以使用元素符号,如下:

% atomType
Mg Si O
% EndAtomType

再或者,你可以用元素名,设置:

% atomType
Magnesium Silicon Oxygen
% EndAtomType

\(\triangleright \) variable numSpecies

Meaning: 描述每种类型原子的数目。

Default: 无,必须明确给出

Format:

% numSpecies
4 4 12
% EndNumSpecies

这表示第一种类型有4个原子,第二种类型有4个原子,第三种类型有12个原子。

Notes: 对于变成分的计算,你需要列出如下所示的组成构建块:

% numSpecies
2 0 3
0 1 1
% EndNumSpecies

这表示第一个几何结构单元的分子式是A\(_2\)C\(_3\),第二个几何结构单元的分子式是BC, A、 B、 C在原子类型块中已经解释过。所有结构都满足公式 \(x\)A\(_2\)C\(_3\) + \(y\)BC with \(x\), \(y\) = (0,1,2,…) — 或者是A\(_{2x}\)B\(_y\)C\(_{3x+y}\)。如果你想做A-B-C体系中所有可能组成的预测,应该这样设置:

% numSpecies
1 0 0
0 1 0
0 0 1
% EndNumSpecies

你也可以用一个化学式的计量比数来做定成分的变成分计算。这种情况下, 你需要设置(calculationType=301),化学组分,以及最大和最小原子个数。如下为A\(_2\)BC\(_4\)化合物的例子:

% numSpecies
2 1 4
% EndNumSpecies

14:minAt(单胞中最小原子个数) 28:maxAt(单胞中最大原子个数)

\(\triangleright \) variable magRatio

Meaning: 对非自旋极化(NM),FM-LS、FM-HS、AFM-L、AFM-H、FM-LH和 AF-LH所对应的不同类型磁性质的结构的初始比例。仅VASP支持此功能

Default: 0.1, 0.9/4, 0.9/4, 0.9/4, 0.9/4, 0, 0

Format:

% magRatio
1/8 1/8 1/8 1/8 1/8 0 0
% EndMagRatio

这意味着产生NM、FM-LS、FM-HS、AFM-L和 AFM-H结构的比率均为20%(这里不是1/8,已经重新调整为1)。 没有FM-LH和AF-LH磁化态的结构产生。
注意:
(1)总的来说,磁化率magRatio可以大于1,其比率将会自动调整为1。 (2)在USPEX中的含义和初始磁化率的值:

  • NM — 非自旋极化;

  • FM-LS — 低自旋铁磁;

  • FM-HS — 高自旋铁磁;

  • AFM-L — 低自旋反铁磁;

  • AFM-H — 高自旋反铁磁;

  • FM-LH — 低/高自旋混合铁磁;

  • AF-LH — 低/高自旋混合反铁磁。

(3) 对HM(非自旋极化),所有原子的初始磁化值均为0。对自旋状态和高自旋状 态原子的初始磁化值分别可以设置为MAGMOM = 1和4。对低/高自旋混合状态,每个 原子的磁化值可以被随意地设置为MAGMOM = 1或4。

(4) 当单胞中有奇数个原子时,将不会产生AFM类型结构。

(5) 磁化率magRatio亦适用于在自旋突变操作中的突变值。

\(\triangleright \) variable ldaU

Meaning: 使用DFT+U方法,指定每种原子的Hubbard U值。仅VASP支持此功能

Default: 0 对应每种类型的原子

Format:

% ldaU
4 0
% EndLdaU

\(\triangleright \) variable ExternalPressure

Meaning: 指定你所要计算体系的外部压力,单位是GPa。

Default: 0

Format:

100 : ExternalPressure

Note: 从 USPEX 9.4.1 起,压力的值(单位 GPa)可以直接在INPUT.txt文件中设置。不需要在 弛豫优化文件Specific/再次指定。

\(\triangleright \) variable valences

Meaning: 描述每类原子的化合价。 这仅用于评估结合的硬度,而结合硬度又用来计算近似的动力学矩阵(对软模变异) 和晶体的硬度。

Default: USPEX有一系列的系统默认化合价 (见附录 ??). 然而,需要注意的是,对一些元素 (例如N、S、W、Fe和 Cr等),有许多可能的化合价。除非你要计算硬度, 否则这没有问题,你可以用系统默认化合价。如果你要做硬度计算,你必须明确给出化合价。

Format:

% valences
2 4 2
% EndValences

\(\triangleright \) variable goodBonds

Meaning: 在矩阵中指定两原子间最低的键价,大于这些键价的化学键被认为是重要的化学键。 该参数的设置与原子距离矩阵IonDistances(如下)一样,是一个上三角形式的方阵。goodBonds仅用来计算硬度和软模变异。我们可以用公式
goodBonds = \(\frac{valence}{max\_ coordination\_ number}\)计算goodBonds。

Default: USPEX可以给出goodBonds合理的默认估值,你可以在输出文件OUTPUT.txt 中得到这些数值。对大多数情况,用默认值已经足够,但是对于硬度的计算,你必须要仔细地审查这些数值, 或者手动设置。更多细节,请参考附录 ??

Format:

% goodBonds
10.0 10.0 0.2
0.0 10.0 0.5
0.0 0.0 10.0
% EndGoodBonds

注意: 矩阵的维度必须与原子种类数或原子名称数相等。如果只有一种原子,那么矩阵就填充该数字。上面的矩阵解读如下:当可被认为是成键时,Mg-Mg间的距离要足够短使其键价为10或者更大,Mg-Mg键的距离必须足够短。对Mg-Si键,Si-Si键和O-O键也有同样要求(通过使用这种专一的标准,我们有效地排除了来自软模变异和硬度计算的交互作用),然而在用于硬度和软模变异计算时Mg-O键的键价取为0.2或者更大,Si-O键的键价取为0.5或者更大。

\(\triangleright \) variable checkMolecules

Meaning: 打开或关闭原始分子的再弛豫 (MOL_1MOL_2等)是否完整。可用于分子晶体 (calculationType=310, 311)。

可能的数值(整数):

  • 0 — 未经核实,被认为是损坏了的结构或是合并的分子(我们强烈建议不使用这种类型)。

  • 1 — 执行检查命令,所有损坏或是合并的分子均被遗弃。

Default: 1

Format:

1: 核实分子

\(\triangleright \) variable checkConnectivity

Meaning: 执行或不执行硬度计算以及软模变异。

可能的数值(整数):

  • 0 — 不检查原子关联性,不进行硬度计算。

  • 1 — 考虑原子间的关联性,进行印度计算。

Default: 默认值:
1:checkConnectivity

Format:

\(\triangleright \) variable fitLimit

Meaning: 对于最大值: 如果所获得fitness的最小值比fitLimit的值小, 那么USPEX的计算将会在第一代之后结束。 对于最小值: 如果所获得fitness的最小值比 fitLimit的值大,那么USPEX的计算将会在第一代之后结束。

Default: 无默认值,用户需要自己设定。

Format:

10 : fitLimit