USPEX 10.5 manual

反种子设置

反种子技术已经在USPEX中开发实施了，所有基于对结构不利的想法都已被屏蔽以保证模拟没有 陷入局部最小值。在这儿，和时间有关的适应度是所有总的真实焓值（或其他的适应性质）和跟 历史有关的项，它是能量抽样面上叠加的高斯势能之和：

在这里，\(f\)是适应度（\(f_0\) — 真实适应度，\(f\) —跟历史有关的适应度），\(W_a\) 是高度， 是高斯展宽。在我们的方法中，高斯参数的变化依赖于种群多样性，能量在每一代中扩展。

有三种使用该技术的方法。第一种，将你认为不利的结构放置在反种子文件夹AntiSeeds中。例如它可能 是基态结构—在这种情况下，USPEX将会尽力找到第二个最低焓值的结构。

在第二种和第三种方法中，你不需要明确给定反种子结构—USPEX要么用所有的抽样结构 作为反种子（经过很好的测试，是被推荐的方法），要么是每一代中的最优结构。 你需要给定以下的一些设置：

\(\triangleright \) variable antiSeedsActivation

Meaning: 明确从哪一代开始反种子模式开始。 当antiSeedsActivation \(= N {\gt} 0\)时，从第\(N\)代开始，高斯势加入到所有的结构中， 当\(N{\lt}0\)时，高斯势仅加入到每一代的最优结构中，从第\(N\)代开始。 当\(N=0\)时，高斯势仅加入到放在反种子文件夹中的结构中。 如果你不想用反种子，那么给定非常大的antiSeedsActivation值 （例如:5000）和antiSeedsMax=0.0。

Default: 5000

Format:

1 : antiSeedsActivation

\(\triangleright \) variable antiSeedsMax

Meaning: 明确高斯的高度，以每一代中的焓值的平均方差为 单位（算出来的值仅在bestFrac之间，例如在准双亲之间）。 我们推荐antiSeedsMax=0.01。

Default: 0.000

Format:

0.005 : antiSeedsMax

\(\triangleright \) variable antiSeedsSigma

Meaning: 明确高斯的宽度，以每一代中结构之间的平均距离为 单位（算出来的值仅在bestFrac之间，例如在准双亲之间），我们建议 antiSeedsSigma=0.005。

Default: 0.001

Format:

0.005 : antiSeedsSigma

Fig. ?? 是一个应用反种子技术的例子。