USPEX 10.5 manual

不常使用的关键参数

\(\triangleright \) variable mutationRate

Meaning: 晶格变异应变矩阵组分的标准偏差。应变矩阵组分是从高斯分布中随机选择的, 而且只允许取-1到1之间的值。晶格变异基本上是将metadynamics的思路融入到了我们的方法当中 22 , 即是通过建立一些晶胞的变形来发现新的结构类型。与metadynamics不同的是, 晶胞变形在我们的方法中不会累计, 因此应变分量能确保足够大以获得新晶体结构.

Default: 0.5

Format:

0.5 : mutationRate

最好把晶格变异和小的软膜变异相结合:

\(\triangleright \) variable mutationDegree

Meaning: 软膜变异中的最大位移距离的单位是埃。mutationDegree用于设定软膜或晶格变异的具体位移向量值。

Default: 3×(平均原子半径)

Format:

2.5 : mutationDegree

\(\triangleright \) variable ordering_active

Meaning: 通过局部有序参数打开有偏见的变量算符。

Default: 1

Format:

1 : ordering_active

\(\triangleright \) variable symmetrize

Meaning: 把所有结构转换为可以适应对称性的结晶学设置。

Default: 0

Format:

1 : symmetrize

\(\triangleright \) variable valenceElectr

Meaning: 每种原子类型的价电子数。

Default: 所有原子的值都是常量,我们已经将它们制成了表,不需要特别设置。

Format:

% valenceElectr
2 6
% EndValenceElectr

\(\triangleright \) variable percSliceShift

Meaning: 在所有维度内进行块移动(在遗传中用到)的概率, 1.0 代表 100%.

Default: 1.0

Format:

0.5 : percSliceShift

\(\triangleright \) variable maxDistHeredity

Meaning: 给定参与遗传的结构之间的最大余弦距离。它指定了与该 结构能够匹配的能量面半径。

Default: 0.5

Format:

0.5 : maxDistHeredity

\(\triangleright \) variable manyParents

Meaning: 明确是否应该要超过两片(或超过两个亲代结构)被用于遗传。 这对大体系来说是有用的。

可能的值 (整数):

0 — 仅用两个亲代,每个一个片段。

1 — 许多结构被用作亲代,每个一个片段。

2 — 两个结构被用于亲代,许多片段(用参数minSlicemaxSlice动态决定)可以从 每个亲代中独立选择。

3 — 两个结构被用于亲代,许多片段(用参数minSlicemaxSlice不断变化决定) 是从有特定设置的晶胞中切下来。这是适用于大体系的较好的选择。 例如:我们将两个结构切成近似相等厚度的薄片,然后从亲代1中选择偶数片, 从亲代2中选择奇数片,制成多层的“三明”或是“斑马”。

Default: 0

Format:

3 : manyParents

minSlice, maxSlice: 决定了切片的最小和最大厚度,单位为\(\text{\r{A}}\), 他们将会从亲代中删掉来参加子代结构的产生。我们期望这些薄片足够薄,能够携带一些亲代 的信息(但是不是太薄,以至于对遗传没有影响)。这些参数的合适值分别大约是1和6 \(\text{\r{A}}\)。

对于团簇,你可以直接给定参与遗传的亲代数(但是我们发现这几乎没有用):

\(\triangleright \) variable numberparents

Meaning: 定义了团簇中遗传的亲代数。

Default: 2

Format:

2 : numberparents