USPEX 10.5 manual
USPEX的特点,目标和历史
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概述
USPEX的特点
有关USPEX主要原理及应用的文章
版本历史
初始化
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如何获得USPEX
版权引用
错误报告
运行USPEX所需的计算机配置
USPEX的外部接口代码
如何安装USPEX
如何运行USPEX
执行USPEX示例:简明教程
输入与输出文件
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输入文件
输出文件
输入文件
INPUT.txt
的设置
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计算类型
种群
适者生存和选择
结构产生和变异操作
约束条件
晶胞
重启作业
详述
从头
算法
指纹设置
反种子设置
空间群的判定
给开发者的关键参数
不常使用的关键参数
特例的额外输入设置
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变成分代码
热电导率优化
分子晶体和聚合物
表面
二维晶体
团簇
进化准动力学命令
粒子群算法(PSO)指令
相变路径预测
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Pmpaths:预测固体-固体相变机制的几何方法
变胞微动弹性带(VCNEB)法
VCNEB的Input选项
如何设置VC-NEB计算的初始路径
过渡态路径取样 (TPS) 方法
TPS方法的Input设置
在线工具
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结构表征
性质计算
分子晶体
表面
其它
常见问题
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如何将结果可视化?
如何避免陷阱?
什么是单块计算?
如何基于已知片段预测结构
如何使用种子技术?
如何控制成分?
如何从本地机器向远程集群设置免密连接?
如何创建一个计算使用的工作提交脚本?
附录
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例子目录
测试运行
INPUT.txt
输入文件示例
空间群列表
层群列表
平面群列表
点群列表
USPEX中使用的共价原子半径表
USPEX使用的默认
化合价
表
USPEX使用的默认
goodBonds
表
在线工具
我们创建了许多有用的线上工具,可以用于准备USPEX输入文件和后处理。这些工具位于:
http://uspex-team.org/online_utilities
下面你可以找到有关每个在线工具的信息。