USPEX 10.5 manual

执行USPEX示例：简明教程

下载并安装USPEX软件后，我们就可以运行USPEX示例。这些示例的详细信息参见 附录 ??。运行这些示例（除EX13外）的外接代码 显示如下：

  • GULP: EX02, EX03, EX08, EX12, EX15 (VCNEB), EX16, EX18, EX21 (META), EX22 (Generalized META), EX23

  • VASP: EX01, EX07, EX09, EX14 (META), EX17, EX19, EX24, EX29, EX30, EX31

  • LAMMPS: EX04, EX26 (TPS)

  • ATK: EX05

  • CASTEP: EX06

  • DMACRYS: EX10

  • Tinker: EX11

  • MOPAC: EX20

  • DFTB: EX25

  • FHIaims: EX27, EX28

现在，我们开始体验USPEX：

测试USPEX-Python指令

我们可以使用以下命令显示当前USPEX版本信息： >> USPEX -v

如果USPEX运行正常，你应该得到以下信息。 

  USPEX Version 10.2 (19/01/2019)

运行示例EX13-3D_special_quasirandom_structure_TiCoO\(_2\)

示例13（EX13）不需要借助任何外部代码，我们可以通过运行这个例子来熟悉USPEX的运行步骤。 运行这个实例大约会花费\(\sim \)30分钟左右的时间。我们首先创建一个测试文件夹， 将示例文件复制过来，然后通过USPEX Python指令集运行，命令如下：

>> mkdir EX13
>> cd EX13
>> USPEX -c 13
>> USPEX -r

在运行示例的同时，我们可以了解EX13更多的细节。在EX13中，我们通过进化算法优化 结构有序度。所以，在INPUT.txt中，我们设置： 

USPEX : calculationMethod
-4    : optType

我们使用以下参数： 

300   : calculationType

% atomType
Co Ti O
% EndAtomType

% numSpecies
16 16 64
% EndNumSpecies

这些参数表示我们正在研究Co\(_{16}\)Ti\(_{16}\)O\(_{64}\) 体系。

由于我们不需要外部代码，我们可以简单设置： 

% abinitioCode
0
% ENDabinit
种子文件放置在Seeds/POSCARS，即初始的Ti\(_{16}\)Co\(_{16}\)O\(_{64}\)结构。

当你发现文件USPEX_IS_DONE时，恭喜你，你已经成功完成了第一个示例。接下来， 我们将运行那些需要外部代码的示例。

借助外部代码运行示例

这一步中，我们建议运行将GULP或VASP作为外部代码的示例，如EX02或EX01。首先利用USPEX指令获得示例EX02的信息，然后创建一个单独的文件夹并复制示例文件，指令如下：

>> mkdir EX02
>> cd EX02
>> USPEX -c 2

在示例EX02中，我们使用GULP作为外部代码，因此设置： 

% abinitioCode
3 3 3 3
% ENDabinit

在不能批量提交作业的系统中运行一系列计算任务，我们需要改变INPUT.txt中的以下参数： 

1     : whichCluster
1     : numParallelCalcs

在示例INPUT.txt文件中，whichCluster=QSH，QSH是我们 内部团队所使用集群的名字。用户可以以相同的方式定义自己的集群。详细信息参见 ??。

在INPUT.txt中，我们没有指定怎么运行GULP，因为我们假定所有用户使用相同的命令： 

% commandExecutable
gulp < input > output
% EndExecutable

但是要确保这个命令是在你的计算机上执行的。如果你想使用VASP运行EX01，你应该这样设置： 

% abinitioCode
1 1 1 1
% ENDabinit

% commandExecutable
mpirun -np 8 vasp
% EndExecutable

如果commandExecutable设置错误，启动USPEX计算就会失败。请注意，根据你自己电脑或超级电脑的基本情况，你需要适当修改submitJob_remote.py和checkStatus_remote.py文件。

当每个参数都被正确设置后，我们就可以通过USPEX指令进行计算了。执行命令：

>> USPEX -r

检查结果

开始计算后，你可以检查results1/文件夹中的OUTPUT文件。 现在，你有了使用USPEX运行简单计算的经验。要想了解关于USPEX更详细的信息，请仔细阅读本手册余下内容。分析结果时，我们认为对结构进行可视化是很重要的（可视化方法，详见 ??）。