TPS方法的Input设置
目前TPS方法值只能和LAMMPS和CP2K软件一起使用。
为了打开TPS模式，你必须：
设置
TPS : calculationMethod
在Seeds/文件夹中创建分子动力学重启文件lammps.restart（for LAMMPS）或者cp2k.restart（for CP2K）。
创建一个序参数计算脚本或者使用USPEX默认的fingerprints（详细说明见下文）。
指定以下TPS选项：
\(\triangleright \) variable numIterations
Meaning: TPS步数的最大值.
Default: 1000
Format:
500 : numIterations
\(\triangleright \) variable speciesSymbol
Meaning: 描述所有化学种类（原子或分子）的特性.
Default: 无默认 值
Format:
% speciesSymbol
CH4 Si O
% EndSpeciesSymbol
注意: 在TPS中，我们用speciesSymbol和 numSpecies代替atomType来表示分子组成的种类。比如，我们可以用：
% numSpecies
1 648 1296
% EndNumSpecies
% speciesSymbol
CH4 Si O
% EndSpeciesSymbol
\(\triangleright \) variable mass
Meaning: 每个种类的质量。
Default: 默认值和种类有关
Format:
% mass
16.000
% EndMass
\(\triangleright \) variable amplitudeShoot
Meaning: 在shooting运算中为A\(\rightarrow \)B 和B\(\rightarrow \)A 方向分配的动量的振幅
Default: 0.1 0.1
Format:
% amplitudeShoot
0.12 0.12
% EndAmplitudeShoot
\(\triangleright \) variable magnitudeShoot
Meaning: 当获取MD轨迹成功或失败时，分别增加或减少分配的动量 振幅的大小。
Default: 1.05 1.05
Format:
% magnitudeShoot
1.0 1.05
% EndMagnitudeShoot
注意: 除非用户对特殊体系有经验，否则我们强烈建议 用这个选项自动适应动量振幅的分配。
\(\triangleright \) variable shiftRatio
Meaning: shooter操作成功后又进行移动操作的比例。
Default: 0.1
Format:
0.5 : shiftRatio
\(\triangleright \) variable orderParaType
Meaning: 区分不同相的有序参数计算方法:
“0” — 用户定义计算有序参数的方法，需在cmdOrderParameter提供一个脚本；
“1” — 指纹法 (Oganov & Valle, 2009).
Default: No default
Format:
0 : orderParaType
\(\triangleright \) variable opCriteria
Meaning: 这里有两个值分别说明对与初始和最终态相似的容许程度。 如果一个或两个轨迹导致不同的最终结构，这样的轨迹在TPS法中将被遗弃。
Default: 无默认值
Format:
% opCriteria
-0.1 0.1
% EndOpCriteria
Note: 如果用指纹法，体系越大，就该有越严格的环境。 例如，当当研究fcc\(\rightarrow \)hcp的相变时，如果有1000个原子时，应 设opCriteria=[ 0.995, 0.995 ]；当超过3000个原子时， opCriteria=[ 0.998, 0.998 ]。
\(\triangleright \) variable cmdOrderParameter
Meaning: 用户定义要求计算有序参数。如果用指纹法时就不用。
Default: 无默认 值
Format:
% cmdOrderParameter
./extractOp.sh
% EndCmdOrderParameter
\(\triangleright \) variable cmdEnthalpyTempture
Meaning: 用户自定义命令从MD结果提取焓和温度。
Default: No default
Format:
% cmdEnthalpyTempture
./extractHT.sh
% EndCmdEnthalpyTempture
\(\triangleright \) variable orderParameterFile
Meaning: 一个MD计算的文件，存储有序参数历史以便TPS读取。
Default: fp.dat
Format:
op.dat : orderParameterFile
\(\triangleright \) variable enthalpyTemptureFile
Meaning: 一个MD计算的文件，存储焓和稳定历史以便TPS读取或用户定义脚本的分析。
Default: HT.dat
Format:
HT0.dat : enthalpyTemptureFile
\(\triangleright \) variable trajectoryFile
Meaning: 存储MD轨迹文件。这个文件名需和MD轨迹的output文件名计算一致。
Default: traj.dat
Format:
trajectory.xyz : trajectoryFile
\(\triangleright \) variable MDrestartFile
Meaning: 存储计算MD重启文件以便TPS读取。这个名字需和MD新建文件 在计算中的名字一致。
Default: traj.restart
Format:
lammps0.restart : MDrestartFile