如何基于已知片段预测结构
有时候你已经知道你的结构是基于一些结构基元的堆叠。你可以告诉程序只根据这些“伪分子”来产生结构。 同时,你仍然可以使用标准的方法来产生子一代结构(如遗传和变异),标准方法将结构作为原子晶体对待, 因此会打破已预先定义的结构基元。为激活相关程序,你只需要常规的INPUT.txt文件,
% atomType B % EndAtomType % numSpecices 48 % EndNumSpecices
假设你想根据硼二十面体产生结构,需要一个额外的MOL_1文件:
B12_[4] Number of atoms: 12 B -1.591325 -0.618615 -0.217220 0 0 0 0 B -0.574110 -0.095870 -1.619670 1 0 0 0 B -1.211325 1.134555 -0.455665 2 1 0 0 B -1.158010 0.414740 1.203810 3 2 1 0 B -0.487865 -1.260560 1.065420 4 3 1 0 B -0.126980 -1.576135 -0.679575 5 4 1 0 B 0.487845 1.260560 -1.065430 3 2 1 0 B 0.127000 1.576130 0.679585 4 3 1 0 B 0.574120 0.095870 1.619670 5 4 1 0 B 1.211315 -1.134555 0.455685 6 5 1 0 B 1.158015 -0.414735 -1.203800 2 6 1 0 B 1.591320 0.618615 0.217195 7 8 3 0
该文件的格式在??中有说明。唯一的区别是我们需要在文件的头部写入一些额外信息。 如上例所示,该处的信息说明4个MOL_1(B12)将会被使用,这与在INPUT.txt文件中描述的48个B原子是一致的。 这里的一致性是必须的,否则的话片段功能就不会被激活,即使你放置了MOL_x文件。如果你的设置是正确的, 你会在OUTPUT.txt中找到关于该特征的信息。
对于二维晶体,这种情况下你需要去指明两种厚度。
4.0 : thicknessS (it specifies the overall thickness of 2D crystal ) 0.0 : thicknessB (it specifies the thickness of the molecular centers)
目前,可以再模块300和-200中使用这一功能。注意你无法同时使用单块体和片段功能。 强烈推荐,晶胞参数已知的情况下,在定胞模块中使用这一功能。