如何运行USPEX
为了运行USPEX,你必须已安装Python并且在计算节点上有可运行的外部代码用于结构弛豫和计算结构能量(USPEX支持的代码 详见章节 2.5)。开始你的计算时,根据你计算的体系来从示例中找到 类似的例子(见附录 ??),然后开始编辑INPUT.txt文件。INPUT.txt文件中各参数的 解释详见 ??章节。 然后,将外部代码做结构弛豫需要的文件放在Specific/件夹下, 以vasp为例,这样的文件有INCAR_1, INCAR_2, …, INCAR_N,和POTCAR_A, POTCAR_B, …, 这里的 A, B, …指的是与POTCAR文件相对应的化学元素名称。
另外一件非常重要的事情是准备执行外接程序的脚本。USPEX允许用户自行决定提交作业的方式:本地和远程。请阅读关键词whichCluster和章节 ??。
执行USPEX的命令:
USPEX -r
log文件用于记录模拟过程中的信息,如果有错误的话(如果你愿意报告软件的漏洞, 请把log文件发送给我们)。OUTPUT.txt文件包含有每一代计算和分析的详细信息。
对于USPEX使用者,我们提供了一些人性化的选项:
-v, --version:显 示程序的版本号并退出
-h, --help: 显示帮助信息并退出
-e, --example: 显示USPEX例子的细节。如果没有值或者是’all’,则所有的例子都将被显示。
-c NUM, --copy=NUM: 复制INPUT文件并指明例子所在文件夹。
-r, --run: 运行USPEX计算
--clean: 清理计算文件夹
--list:显示已存在计算作业的地址。
当进行大规模并行计算时,用户需要根据用户的电脑配置文件。
有两种提交作业的方式:(1)本地提交;(2)远程提交,取决于你是否将ab initio计算任务提交在与你运行USPEX相同的服务器,或者发送至远程的超级计算机。参见关键字whichCluster以及 ??章节。