2.8 运行USPEX示例:迷你手册

一旦下载了USPEX的软件包并安装了它,你就可以运行第一个USPEX例子。这个例子的详细信息列 在附录 9.1:例子列表中。所需要的运行例子(处理例子13)的外部代码 显示如下:

现在,开始我们的第一个USPEX体验:

测试USPEX Python运行器

为了得到版本信息,我们可以使用以下命令: >> USPEX -v

如果USPEX运行正常,你应该得到以下信息。

  USPEX Version 9.4.2 (19/03/2015)
如果不工作,请检查你的安装步骤和系统环境设置, 如上所述。

运行例子EX13-3D_special_quasirandom_structure_TiCoO

例子13(EX13)不需要任何外部代码,我们可以通过运行这个例子来熟悉USPEX的运行步骤。 这个例子的运行大约会花费 $\sim $30分钟左右的时间。为了开始计算,我们首先创建一个测试文件夹, 将示例文件复制过来,然后通过USPEX Python运行器计算,命令如下:

>> mkdir EX13
>> cd EX13
>> USPEX -c 13
>> USPEX -r

在例子运行的时候,我们现在有时间了解EX13更多的细节。在EX13中,我们通过进化算法优化 结构阶数。所以,在INPUT.txt中,我们设置:

USPEX : calculationMethod
-4    : optType

我们使用以下参数:

300   : calculationType

% atomType
Co Ti O
% EndAtomType

% numSpecies
16 16 64
% EndNumSpecies

为举例说明USPEX研究Co$_{16}$Ti$_{16}$O$_{64}$ 体系。为了减少EX13的计算时间,我们只是作为测试, 我们可以减少populationSize和numGenerations这两个参数的值,如:

5    : populationSize
5    : numGenerations

然而,需要注意的是设置如此小的populationSizenumGenerations, 我们不能期望USPEX找到低能量的结构。 由于我们不需要外部代码,我们可以简单设置:

% abinitioCode
0
% ENDabinit
种子文件放置在Seeds/POSCARS—这是初始的Ti$_{16}$Co$_{16}$O$_{64}$结构。当 你发现文件USPEX_IS_DONE时,恭喜你,你已经成功完成了我们的第一个示例。接下来, 我们将运行USPEX与外部代码交互的计算。

运行一个与外部代码交互的示例

这一步中,我们建议运行与GULP或者VASP交互的示例,从例子02(EX02)或者例子01(EX01) 开始。我们使用USPEX运行器获得EX02的例子信息,创建一个单独的文件夹并复制文件, 使用以下命令:

>> mkdir EX02
>> cd EX02
>> USPEX -c 2

因为在EX02中,我们使用的是GULP,设置

% abinitioCode
3 3 3 3
% ENDabinit

为了运行一系列的计算而不是单独一个计算,我们应该改变INPUT.txt中的以下参数:

0     : whichCluster
1     : numParallelCalcs

在示例INPUT.txt文件中,whichCluster=QSH是一个内部的机群名供我们 自己的团队使用。我们也提供相同的方式帮助用户定义自己的机群。详细信息参见 8.10

INPUT.txt中,我们没有指定怎么运行GULP,因为我们假定所有用户使用相同的命令:

% commandExecutable
gulp < input > output
% EndExecutable

但是要确保这个命令是在你的机子上工作的。如果你想运行EX01,使用的是VASP,你应该这样设置:

% abinitioCode
1 1 1 1
% ENDabinit

% commandExecutable
mpirun -np 8 vasp
% EndExecutable

如果 commandExecutable设置错误,启动USPEX计算就会失败。当每个参数都设置正确了, 我们就可以通过USPEX运行器运行计算了。使用命令:

>> USPEX -r

检查结果

开始计算后,你可以检查results1/文件夹中的OUTPUT文件。 现在,你有了使用USPEX运行简单计算的经验。要想了解更详细的关于USPEX和运行复杂计算的 信息,我们可以从接下来章节的介绍中了解。当分析结果时,对结构的可视化是很重要的 (可视化方法,详见8.1)。