: 例子目录

9.1 例子目录

EX01-3D_Si_vasp: 零压力下的硅（每个单胞中含8个原子）。使用VASP， PBE96 泛函进行变胞 DFT计算。感谢G. Kresse和他的PAW文件（POTCAR）对我们的贡献。
EX02-3D_MgAl2O4_gulp: 在100 GPa 下的MgAl $_2$ O $_4$ （每一个单胞中有28个原子）。使用Buckingham势，GULP代码进行变胞计算。如果需要很可靠的结果，最好用ab initio算法。
EX03-3D-const_cell_MgSiO3_gulp：这个例子向我们展示在知道单胞参数时如何进行结构预测。含有Buckingham势，GULP 代码的MgSiO $_3$ （每个单胞有20个原子）。晶胞参数与后钙钛矿一致。后钙钛矿的发现（Oganov & Ono, Nature 2004; Murakami et al., Science 2004）在地球科学领域是一个重大突破。
EX04-3D_C_lammps:这个例子展示了如何使用结合了LAMMPS码的USPEX进行晶体结构预测。在这个简单的例子中：有8个碳原子，采用Tersoff势。
EX05-3D_Si_atk：这是一个使用密度泛函紧束缚近似和ATK 代码对每一单胞含8个原子的硅进行晶体结构预测的例子。
EX06-3D_C_castep：在0 GPa下，使用CASTEP代码对每个单胞含8个原子的碳的晶体结构进行基于DFT的预测。
EX07-2D_Si_vasp: 使用DFT和VASP预测硅的二维晶体。简单而有效。
EX08-0D_LJ_gulp：纳米结构预测。含有30个原子的Lenard-Jones纳米颗粒， GULP代码。
EX09-3D-molecules_CH4_vasp：甲烷分子晶体预测，压力20 GPa，DFT， VASP。分子在文件MOL_1中描述。
EX10-3D-molecules_CH4_dmacrys：常压，带有8个分子的单胞，采用力场和DMACRYS代码。在文件MOL_1中描述分子，但要注意其DMACRYS计算略有不同的格式。请把可执行文件dmacrys、neighcrys-pp和neighcrys-vv放在文件夹Specific/。
EX11-3D-molecules_urea_tinker：常压，2个分子的单胞，采用力场和 TINKER代码。在文件MOL_1中描述分子。
EX13-3D_special_quasirandom_structure_TiCoO：含有伪“Mo”和“B”原子，GULP和变组成 USPEX（Lyakhov and Oganov, 2010）的Lenard-Jones二元体系。
EX13-3D_special_quasirandom_structure_TiCoO：USPEX可以很容易地找到最无序（或最有序）合金结构。这里表示为Ti $_ x$ Co $_{(1-x)}$ O。你需要在Seeds/POSCARS 指定初始结构和仅使用置换操作。在这种情况下，不需要使用任何外部代码。在这个例子中，我们在无弛豫的情况下(abinitioCode = 0)优化（最小化）结构有序度（Oganov and Valle (2009); Lyakhov, Oganov, Valle (2010)）。种子结构（Ti-Co-O结构的超晶胞）被置换找到结构的最小/最大化有序度。在这种情况下最小化有序度，可以得到“特殊准随机结构”的通用版本。
EX14-GeneralizedMetadynamics_Si_vasp：关于开始用一个简单的种子结构搜索复杂低能量结构的简单例子（Zhu et al, 2013)。硅，最多为16个原子的单胞，DFT，VASP。要特别注意到INCAR文件。最重要的是，只要保留你在这里看到的文件，只改变ENCUT，SIGMA，进化准动力学不仅预测低能量的结构，同时也给出了晶体结构之间的转换机制。
EX15-VCNEB_Ar_gulp：氩气，在0 GPa压力模型系统中采用变胞微动弹性带（VCNEB: Qian et al., 2013）计算fcc-hcp转变。Lenard-Jones势，GULP代码。
EX16-USPEX-performance_SrTiO3_gulp: SrTiO $_3$ （50原子/单胞）在零压力下。使用Buckingham势，GULP代码进行可变单胞计算。从这个例子中可以看到，即使是这样一个比较大的系统，USPEX代码仍有 $>$ 90%的成功率和显著的效率。与此相反，通过Zurek和Lonie使用相同的体系，相同的势能报道的成功率只有7-12%。显然，USPEX优于我们通过Zurek和Lonie的实现方法。我们已经见证了我们的代码的性能在更大的系统也很优异。
EX17-3D_DebyeTemp_C_vasp: 对弹性相关性能优化的例子（体积和剪切模量，泊松比，Chen-Niu硬度，德拜温度）在这个例子中，我们使用VASP代码最大限度地提高碳的德拜温度。
EX18-3D_varcomp_ZnOH_gulp:正如你所知道的，USPEX对于变成分的搜索具有独特的能力。这个例子为我们展现了一个非常具有挑战性的情况—对于三元体系Zn-O-H的变成分计算。这个计算在GULP代码中使用ReaxFF力场。USPEX可以为任何成分组成进行计算–例如，在其它范围内可实现的四元和五元体系。当然，成分越多，计算越昂贵（和越有风险）。目前没有任何参考结果。
EX19-Surface-boron111: 预测alpha-B的(111)表面重构，采用变原子数(Zhou et al., Phys. Rev. Lett. 113, 176101 (2014)).
EX20-MinHop_SiO2_gulp: SiO $_{2}$ (300)的最小跳跃法计算。
EX21-SingleBlock_Magnetic_Fe3C_VASP: 在单块模式(300)中使用VASP预测 Fe $_{3}$ C磁性结构的预测。
EX22-3D_Cluster_C60_MOPAC: 使用MOPAC进行C $_{60}$ 团簇结构的预测(000)。
EX23-META_MgO_gulp: 进化准动力学方法，采用GULP代码和Buckingham势，用含有8个原子的MgO初始结构是盐岩型结构，进化准动力学方法找到许多能量低的结构和结构之间的关系。
EX24-GEM_MgO_gulp: 通用进化准动力学方法，采用GULP代码和Buckingham势，用含有8个原子的单胞，这个计算是允许增加到16个原子，通用进化准动力学方法找到许多能量低的结构和结构之间的关系。