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为了运行USPEX，你必须有MATLAB或者Octave，USPEX运行在MATLAB（推荐）或者Octave下， 并且在电脑节点上有可运行的外部代码用于结构的弛豫和计算它们的能量(USPEX支持的代码 详见章节 )。开始你的计算时，根据你想要做什么体系来从示例中找到 类似的例子（见附录 9.1），然后从编辑INPUT.txt开始，对变量 的编辑详见 4章节。 然后，将外部代码做结构弛豫需要的文件放在Specific/件夹下， 以vasp为例，这样的文件有INCAR_1, INCAR_2, …, INCAR_N,和POTCAR_A, POTCAR_B, …, 这里的 A, B, …指的是与POTCAR文件相对应的化学元素名称。
有两种运行代码的方式—旧的和新的，两种都可以用。
(i)在老的方式中，你的运行文件夹下需要有完整的USPEX代码（USPEX.m文件 和FunctionFolder目录等）。然后输入
nohup matlab < USPEX.m > log &
或者你用的是Octave，输入
nohup octave < USPEX.m > log &
(ii)新的方式中，如果你使用了基于Python语言的运行器的USPEX安装器，你所需要做的是输入：
nohup USPEX -r > log &
或者，如果是Octave，输入
nohup USPEX -r -o > log &
Log文件中包含有模拟过程中信息的记录，如果有错误的话（如果你愿意报告软件的漏洞， 请把log文件发送给我们）。
OUTPUT.txt文件包含有每一代计算和分析的详细信息。
对于USPEX运行者，我们有许多人性化的选项：
-v, --version:显 示程序的版本号并退出
-h, --help: 显示帮助信息并退出
-p, --parameter: 指明需要获得帮助的参数。如果没有值或者是’all’，则整个INPUT.txt参数都会显示
-e, --example: 显示USPEX例子的细节。如果没有值或者是’all’，则所有的例子都将被显示。
-c NUM, --copy=NUM: 复制INPUT文件并指明例子所在文件夹。
-g, --generate: 产生准备USPEX计算的文件夹，包括AntiSeeds、Seeds、Specific、Submission folders
-r, --run: 运行USPEX计算
-o, --octave: 用Octave而不是MATLAB来运行USPEX计算
--clean: 清理计算文件夹
当进行大规模并行计算时，用户需要做一点工作根据用户的电脑配置文件（因此，我们不敢 保证支持解决大规模并行计算的问题）。
有两种提交作业的方式—（1）本地提交；（2）远程提交，取决于你是否将ab initio计算任务提交给你运行USPEX和MATLAB相同的机器，或者说你是否将你的工作 发给远程的超级计算机。参见关键字whichCluster以及 8.10章节。
Please note, that you shoud have bash shell set by default to make USPEX working correctly. Users frequently report issues when running USPEX on a machine with csh shell, where “echo -e …” command might not be supported.
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