: 变成分代码

5.4 变成分代码

切换为变成分模式，必须：

设置 301、 311或201 : 计算类型。
在numSpecies下设置结构组成 (参照numSpecies的说明书)。
用Latticevalues设置每种类型原子（或每个组成块）粗略的原子体积。
设置下面的varcomp-only选项：

$\triangleright$ variable firstGeneMax

Meaning: 第一代抽取多少不同的组分。如果是0，这个数值就等于initialPopSize/4。对于二元的，要求firstGeneMax=11，对于三元，需要更高的值，比如30。

Default: 11

Format:

10 : firstGeneMax

$\triangleright$ variable minAt

Meaning: 第一代单胞的最小原子数（对于calculationType=301/201/300）或分子数(对于calculationType=311)。

Default: 无默认值

Format:

10 : minAt

$\triangleright$ variable maxAt

Meaning: 第一代单胞的最大原子数（对于 calculationType=301/201/300或META计算）或分子数（对于calculationType=311)。

Default: No default

Format:

20 : maxAt

$\triangleright$ variable fracTrans

Meaning: 通过原子替换获得的结构所占的百分比。这个过程中，一个随机选取的原子被系统中其他化学成分的原子取代—新的化学组成由默认随机选取，或者你可以在specificTrans下定义它，就像明确的置换。

Default: 0.1

Format:

0.1 : fracTrans

$\triangleright$ variable howManyTrans

Meaning: 结构中被替换原子的最大百分比（0.1 = 10%)。要替换的原子的百分比从0到howManyTrans随机选取。

Default: 0.2

Format:

0.2 : howManyTrans

$\triangleright$ variable specificTrans

Meaning: 允许替换的种类。

Default: 空行（没有特定的替换）)

Format:

% specificTrans 1 2 % EndTransSpecific

注意: 在这种情况下，原子1可以被转变成原子2，反之原子2也可以被转变成原子1. 如果你想尝试所有的变形可能，在这一关键块下留下空行。

变成分案例在运行时，参数keepBestHM有新含义–凸包（比如，多成分系统的热力学稳定状态）图上的所有结构保留，连同convex hull附近的一些亚稳结构–总量是keepBestHM。

对于变成分的运行，明智地设置第一代尤其重要。选择适当大的初始代的大小 initialPopSize.为不同组成的firstGeneMax选取合理大的数值作为第一代的样品。最后，minAt和maxAt的差异不超过2倍，而且不同的体系大小你可能需要少量的计算：比如，4–8, 8–16, 16–30原子，等等。

$\includegraphics[scale=0.4]{pic/NaCl}$

11: Convex hull diagram for Na-Cl system at selected pressures. Solid circles represent stable compounds; open circles — metastable compounds.

给VASP用户一个附加意见—如果你想完成一个变成分的运行，拿Na-Cl体系来说，你需要确定INPUT.txt中给出了正确的原子类型，并且将赝势文件 POTCAR_Na和POTCAR_Cl放入文件夹 /StructurePrediction/Specific/。USPEX将识别每个原子并且适当选取每个原子的POTCAR文件进行计算。图Fig. 11展示了USPEX发现的且被实验证实的热力学稳定的氯化钠。