用于结构弛豫的可执行文件和列举的输入文件应该放在 /StructurePrediction/Specific/文件夹下,对于不同的交互代码,例如 VASP, SIESTA, GULP, etc..都应如此。
对于VASP,文件INCAR_1, INCAR_2, …, etc. 等定义了弛豫和能量计算在每一步的弛豫中应该怎样实施(我们推荐至少三步), 相应的POTCAR_1,POTCAR_2文件是赝势文件。例如:INCAR_1, INCAR_2对于原子位置和晶胞常数在体积固定的情况下进行了非常粗略的结构弛豫, INCAR_3在恒定外压下以中等精度进行充分结构弛豫,INCAR_4则进行精确的 计算。每一个高一级的结构弛豫都是从低一级的的优化结果开始并且改进它们。POTCAR 文件可以仅仅只是将相关元素文件放在Specific/文件夹下而被选择性定义。 比如 POTCAR_C, POTCAR_O,etc.
对于SIESTA,你需要赝势文件和输入文件input_1.fdf, input_2.fdf, …
对于GULP,文件goptions_1, goptions_2, …和ginput_1, ginput_2…必须有。前者指定哪种优化将被实施,后者指定细节(原子间势、 压力、温度和优化循环数等)。
For DMACRYS, fort.22 is the file for general control parameters. The classical force field is given by the file of fit.pots. File cutoff defines the maximum bond length of the intra-molecular bonds.
对于CASTEP,结构文件由cell_1, cell_2, …给出,而计算参数由param_1,param_2, …给出, 相应的赝势文件也必须有。
对于CP2K,文件cp2k_options_1, cp2k_options_2, …,是必须准备好的。所有的文件都应该是含有所有除了原子坐标和晶胞参数 (这些会被USPEX写在最后一行“&END FORCE_EVAL”)的所有参数的正常CP2K输 入文件。因为程序会从USPEX-1.cell和USPEX-pos-1.xyz文件中读取输出文件, 所以“name of the project”应该一直是USPEX。我们建议是进行弛豫要至少三步 跟VASP类似)——第一次优化是固定晶格只优化原子位置,之后的都进行优化。
对于qEspresso_options_1,文件qEspresso_options_2, qEspresso_options_2, …, 是必须准备的。所有的文件都应该是含有所有除了原子坐标、晶胞参数和点 (这些会被USPEX写在最后的文件里)的所有参数的正常QE输入文件。 我们建议进行多步弛豫。例如,qEspresso_options_1只是做了固定 晶胞参数弛豫和原子位置的粗略计算,qEspresso_options_2是中等 精度条件下的加常外压的全结构弛豫,qEspresso_options_3就是高精度的计算。