输出文件一般在result文件夹里 /StructurePrediction/results1 是用于处处USPEX计算的结果。如果是一次新的计算,results2, results3, …(如果计算被重新启动或运行了几次)就会把每次计算的结果放在分开的results* 文件夹里。当查看Individual里的空间群时,需要注意的是USPEX由于有限的结构 弛豫和相对紧的空间群容差,因此经常低估结构的空间群。使用者应该可视化所预测的结构。 为了获得确信完整的空间群,可以增大空间群容差(但是这种方式可能很危险),或者以更 大的精度对结构进行弛豫。
The subdirectory /StructurePrediction/results1包含以下文件:
OUTPUT.txt — 总结输入变量,由USPEX产生的文件和它们的特征值。
Parameters.txt — INPUT.txt文件的复制,供参考
Individuals — 给出每个产生结构的详细信息(能量,单位晶胞体积, 空间群,用于产生该结构所做的操作,用于计算能量的点网格,有序度等)。文件 BESTIndividuals给出每一代最好结构的信息。Individuals举例:
Gen ID Origin Composition Enthalpy Volume Density Fitness KPOINTS SYMM Q_entr A_order S_order
(eV) (A^3) (g/cm^3)
1 1 Random [ 4 8 16 ] -655.062 201.062 4.700 -655.062 [ 1 1 1] 1 0.140 1.209 2.632
1 2 Random [ 4 8 16 ] -650.378 206.675 4.572 -650.378 [ 1 1 1] 1 0.195 1.050 2.142
1 3 Random [ 4 8 16 ] -646.184 203.354 4.647 -646.184 [ 1 1 1] 1 0.229 0.922 1.746
1 4 Random [ 4 8 16 ] -649.459 198.097 4.770 -649.459 [ 1 1 1] 9 0.128 0.958 2.171
1 5 Random [ 4 8 16 ] -648.352 202.711 4.662 -648.352 [ 1 1 1] 2 0.154 1.014 2.148
1 6 Random [ 4 8 16 ] -643.161 206.442 4.577 -643.161 [ 1 1 1] 1 0.234 0.946 1.766
1 7 Random [ 4 8 16 ] -647.678 207.119 4.562 -647.678 [ 1 1 1] 1 0.224 1.108 2.106
1 8 Random [ 4 8 16 ] -644.482 203.844 4.636 -644.482 [ 1 1 1] 1 0.215 0.952 1.857
1 9 Random [ 4 8 16 ] -647.287 204.762 4.615 -647.287 [ 1 1 1] 40 0.136 1.142 2.563
1 10 Random [ 4 8 16 ] -649.459 198.097 4.770 -649.459 [ 1 1 1] 9 0.128 0.958 2.171
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
convex_hull — 只用于变成分计算,给出所有热力学稳定的成分, 和它们的焓值(每原子)。例如:
---- generation 1 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
11 3 -8.7679
---- generation 2 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
11 3 -8.8204
---- generation 3 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
12 4 -8.9945
. . . . . . . . . . . . .
gatheredPOSCARS —弛豫的结构(以VASP POSCAR的格式)。例如:
EA1 9.346 8.002 2.688 90.000 90.000 90.000 Sym.group: 1
1.0000
9.346156 0.000000 0.000000
0.000000 8.002181 0.000000
0.000000 0.000000 2.688367
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.487956 0.503856 0.516443
0.777565 0.007329 0.016443
0.987956 0.507329 0.016443
0.277565 0.003856 0.516443
0.016944 0.178753 0.016443
0.019294 0.833730 0.516443
0.746227 0.333730 0.516443
0.748577 0.678753 0.016443
0.516944 0.832431 0.516443
0.519294 0.177455 0.016443
0.246227 0.677455 0.016443
0.248577 0.332431 0.516443
0.416676 0.241774 0.516443
0.559871 0.674713 0.016443
0.205650 0.174713 0.016443
0.348845 0.741774 0.516443
0.613957 0.380343 0.016443
0.804054 0.542164 0.516443
0.113957 0.630842 0.516443
0.304054 0.469021 0.016443
0.848845 0.269411 0.016443
0.705650 0.836472 0.516443
0.059871 0.336472 0.516443
0.916676 0.769411 0.016443
0.651564 0.130842 0.516443
0.461467 0.969021 0.016443
0.151564 0.880343 0.016443
0.961467 0.042164 0.516443
EA2 9.487 4.757 4.580 90.243 90.188 89.349 Sym.group: 1
1.0000
9.486893 0.000000 0.000000
0.054041 4.756769 0.000000
-0.014991 -0.019246 4.579857
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.499837 0.633752 0.011361
0.500082 0.131390 0.482012
0.813573 0.257696 0.494520
0.326111 0.625491 0.501746
0.995267 0.254346 0.992293
0.160822 0.689054 0.001270
0.995907 0.760753 0.498354
0.159742 0.192300 0.491958
0.811206 0.761223 0.997857
0.325692 0.125479 0.987935
0.656355 0.695175 0.503322
0.656596 0.199917 0.991605
0.487990 0.763078 0.627771
0.845518 0.645378 0.347890
0.623474 0.895186 0.185946
0.616379 0.395875 0.308861
0.093745 0.991831 0.185467
0.092669 0.494591 0.309957
0.847697 0.118765 0.113434
0.475636 0.251449 0.875207
0.327510 0.787484 0.116764
0.720411 0.975740 0.706398
0.200804 0.880147 0.683027
0.975416 0.612789 0.852917
0.986131 0.108285 0.644081
0.204805 0.364607 0.830780
0.718464 0.496262 0.817031
0.323904 0.257705 0.340590
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
BESTgatheredPOSCARS—每一代中最好的结构。
gatheredPOSCARS_unrelaxed—给出弛豫之前产生的结构。
enthalpies_complete.dat—给出每一步弛豫所得结构的焓值。
origin—显示某结构是从哪个父代通过何种变化操作得到的。 例如:
ID Origin Enthalpy Parent-E Parent-ID
1 Random -23.395 -23.395 [ 0]
2 Random -23.228 -23.228 [ 0]
3 Random -23.078 -23.078 [ 0]
4 Random -23.195 -23.195 [ 0]
5 Random -23.155 -23.155 [ 0]
6 Random -22.970 -22.970 [ 0]
7 Random -23.131 -23.131 [ 0]
8 Random -23.017 -23.017 [ 0]
9 Random -23.117 -23.117 [ 0]
10 Random -23.195 -23.195 [ 0]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
gatheredPOSCARS_order — gatheredPOSCARS的内容基本相同, 额外给出了每个原子的有序度参量值(Ref. 。例如:
EA1 9.346 8.002 2.688 90.000 90.000 90.000 Sym.group: 1
1.0000
9.346156 0.000000 0.000000
0.000000 8.002181 0.000000
0.000000 0.000000 2.688367
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.487956 0.503856 0.516443 1.1399
0.777565 0.007329 0.016443 1.1399
0.987956 0.507329 0.016443 1.1399
0.277565 0.003856 0.516443 1.1399
0.016944 0.178753 0.016443 1.1915
0.019294 0.833730 0.516443 1.2474
0.746227 0.333730 0.516443 1.2474
0.748577 0.678753 0.016443 1.1915
0.516944 0.832431 0.516443 1.1915
0.519294 0.177455 0.016443 1.2474
0.246227 0.677455 0.016443 1.2474
0.248577 0.332431 0.516443 1.1915
0.416676 0.241774 0.516443 1.2914
0.559871 0.674713 0.016443 1.1408
0.205650 0.174713 0.016443 1.1408
0.348845 0.741774 0.516443 1.2914
0.613957 0.380343 0.016443 1.2355
0.804054 0.542164 0.516443 1.2161
0.113957 0.630842 0.516443 1.2355
0.304054 0.469021 0.016443 1.2161
0.848845 0.269411 0.016443 1.2914
0.705650 0.836472 0.516443 1.1408
0.059871 0.336472 0.516443 1.1408
0.916676 0.769411 0.016443 1.2914
0.651564 0.130842 0.516443 1.2355
0.461467 0.969021 0.016443 1.2161
0.151564 0.880343 0.016443 1.2355
0.961467 0.042164 0.516443 1.2161
EA2 9.487 4.757 4.580 90.243 90.188 89.349 Sym.group: 1
1.0000
9.486893 0.000000 0.000000
0.054041 4.756769 0.000000
-0.014991 -0.019246 4.579857
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.499837 0.633752 0.011361 0.9368
0.500082 0.131390 0.482012 1.0250
0.813573 0.257696 0.494520 0.9805
0.326111 0.625491 0.501746 0.9437
0.995267 0.254346 0.992293 0.9241
0.160822 0.689054 0.001270 1.1731
0.995907 0.760753 0.498354 0.9696
0.159742 0.192300 0.491958 1.2666
0.811206 0.761223 0.997857 1.0215
0.325692 0.125479 0.987935 1.0353
0.656355 0.695175 0.503322 1.2291
0.656596 0.199917 0.991605 1.2547
0.487990 0.763078 0.627771 1.1199
0.845518 0.645378 0.347890 0.9725
0.623474 0.895186 0.185946 0.9990
0.616379 0.395875 0.308861 1.0141
0.093745 0.991831 0.185467 1.1451
0.092669 0.494591 0.309957 1.1164
0.847697 0.118765 0.113434 0.8821
0.475636 0.251449 0.875207 1.0609
0.327510 0.787484 0.116764 1.0451
0.720411 0.975740 0.706398 0.9539
0.200804 0.880147 0.683027 0.9398
0.975416 0.612789 0.852917 1.1191
0.986131 0.108285 0.644081 0.9803
0.204805 0.364607 0.830780 1.0915
0.718464 0.496262 0.817031 1.0663
0.323904 0.257705 0.340590 1.1471
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
goodStructures_POSCARS and extended_convex_hull_POSCARS 是一个在v.9版本USPEX可用的文件。这个文件非常便于分析,它以稳定性递减的顺序展示所有 不同的结构,从最稳定的结构开始,到最不稳定的。
compositionStatistic包含有该成分是由哪几种变化操作产生的信息。例如:
Comp/Ratio Total Random Heredity Mutation Seeds COPEX Best/Convex
[ 0.0000 1.0000 ] 30( 63) 21 8 1 0 0 33
0 8 4( 4) 2 2 0 0 0 0
0 9 2( 2) 2 0 0 0 0 0
0 10 5( 5) 3 2 0 0 0 0
0 11 2( 2) 0 1 1 0 0 0
0 12 6( 35) 6 0 0 0 0 29
0 13 2( 3) 1 1 0 0 0 1
0 14 0( 0) 0 0 0 0 0 0
0 15 2( 2) 2 0 0 0 0 0
0 16 5( 8) 5 0 0 0 0 3
0 3 1( 1) 0 1 0 0 0 0
0 4 1( 1) 0 1 0 0 0 0
[ 0.1250 0.8750 ] 52( 52) 32 9 11 0 0 0
1 7 20( 20) 4 8 8 0 0 0
2 14 32( 32) 28 1 3 0 0 0
[ 0.1111 0.8889 ] 25( 25) 9 14 2 0 0 0
1 8 25( 25) 9 14 2 0 0 0
[ 0.1000 0.9000 ] 16( 16) 9 5 2 0 0 0
1 9 16( 16) 9 5 2 0 0 0
[ 0.0909 0.9091 ] 11( 11) 5 4 2 0 0 0
1 10 11( 11) 5 4 2 0 0 0
[ 0.0833 0.9167 ] 17( 17) 8 2 7 0 0 0
1 11 14( 14) 8 2 4 0 0 0
2 22 3( 3) 0 0 3 0 0 0
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
graphical files (*.pdf) — 快速分析结果:
Energy_vs_N.pdf (Fitness_vs_N.pdf) — 能量(适应度) 与结构序号的函数;
Energy_vs_Volume.pdf — 能量与体积的函数;
Variation-Operators.pdf —子代与亲代的能量对比;不同的颜色对应不同 的运算方法(此图可用于评估不同的变异运算的结果);
E_series.pdf — 弛豫的第 步和第 步的能量关联; 有助于发现问题和改进弛豫文件输入。
对于可变成分有另外的图extendedConvexHull.pdf,用于显示形成焓与组分的函数。
compositionStatistic.pdf — visualization of compositionStatistic file.