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USPEX 10.2 manual |  |
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USPEX 10.2 manual | |
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输出文件一般在result*文件夹里。当查看Individual文件里罗列的结构空间群时，请注意USPEX经常会低估结构的空间群，这是由于由于结构预测时进行结构弛豫的精度仍不是特别高以及利用相对较高的精度去确定空间群。你应该可视化所预测的结构。为了获得确信的空间群，你可以用较低的精度重新确定空间群（但是这种方式可能很危险），或者以更高的精度对结构进行弛豫。
/StructurePrediction/results1包含以下文件：
OUTPUT.txt — 依据USPEX输入变量，罗列预测产生的结构和它们的特征值。
Parameters.txt — INPUT.txt文件的复制，供参考。
Individuals — 列出每个USPEX产生结构的详细信息（能量，晶胞体积，空间群，该结构的产生方式，用于计算能量的
点网格，结构有序度等）。文件BESTIndividuals给出每一代最好结构的信息。Individuals文件如下：
Gen ID Origin Composition Enthalpy Volume Density Fitness KPOINTS SYMM Q_entr A_order S_order
(eV) (A^3) (g/cm^3)
1 1 Random [ 4 8 16 ] -655.062 201.062 4.700 -655.062 [ 1 1 1] 1 0.140 1.209 2.632
1 2 Random [ 4 8 16 ] -650.378 206.675 4.572 -650.378 [ 1 1 1] 1 0.195 1.050 2.142
1 3 Random [ 4 8 16 ] -646.184 203.354 4.647 -646.184 [ 1 1 1] 1 0.229 0.922 1.746
1 4 Random [ 4 8 16 ] -649.459 198.097 4.770 -649.459 [ 1 1 1] 9 0.128 0.958 2.171
1 5 Random [ 4 8 16 ] -648.352 202.711 4.662 -648.352 [ 1 1 1] 2 0.154 1.014 2.148
1 6 Random [ 4 8 16 ] -643.161 206.442 4.577 -643.161 [ 1 1 1] 1 0.234 0.946 1.766
1 7 Random [ 4 8 16 ] -647.678 207.119 4.562 -647.678 [ 1 1 1] 1 0.224 1.108 2.106
1 8 Random [ 4 8 16 ] -644.482 203.844 4.636 -644.482 [ 1 1 1] 1 0.215 0.952 1.857
1 9 Random [ 4 8 16 ] -647.287 204.762 4.615 -647.287 [ 1 1 1] 40 0.136 1.142 2.563
1 10 Random [ 4 8 16 ] -649.459 198.097 4.770 -649.459 [ 1 1 1] 9 0.128 0.958 2.171
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
convex_hull — 仅限变成分计算，给出了所有热力学稳定结构的成分和它们的焓值（每原子）。示例如下：
---- generation 1 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
11 3 -8.7679
---- generation 2 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
11 3 -8.8204
---- generation 3 -------
10 0 -8.5889
0 14 -8.5893
12 4 -8.9945
. . . . . . . . . . . . .
gatheredPOSCARS — 所有经过结构优化后的结构（以VASP5 POSCAR的格式）。例如：
EA1 9.346 8.002 2.688 90.000 90.000 90.000 Sym.group: 1
1.0000
9.346156 0.000000 0.000000
0.000000 8.002181 0.000000
0.000000 0.000000 2.688367
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.487956 0.503856 0.516443
0.777565 0.007329 0.016443
0.987956 0.507329 0.016443
0.277565 0.003856 0.516443
0.016944 0.178753 0.016443
0.019294 0.833730 0.516443
0.746227 0.333730 0.516443
0.748577 0.678753 0.016443
0.516944 0.832431 0.516443
0.519294 0.177455 0.016443
0.246227 0.677455 0.016443
0.248577 0.332431 0.516443
0.416676 0.241774 0.516443
0.559871 0.674713 0.016443
0.205650 0.174713 0.016443
0.348845 0.741774 0.516443
0.613957 0.380343 0.016443
0.804054 0.542164 0.516443
0.113957 0.630842 0.516443
0.304054 0.469021 0.016443
0.848845 0.269411 0.016443
0.705650 0.836472 0.516443
0.059871 0.336472 0.516443
0.916676 0.769411 0.016443
0.651564 0.130842 0.516443
0.461467 0.969021 0.016443
0.151564 0.880343 0.016443
0.961467 0.042164 0.516443
EA2 9.487 4.757 4.580 90.243 90.188 89.349 Sym.group: 1
1.0000
9.486893 0.000000 0.000000
0.054041 4.756769 0.000000
-0.014991 -0.019246 4.579857
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.499837 0.633752 0.011361
0.500082 0.131390 0.482012
0.813573 0.257696 0.494520
0.326111 0.625491 0.501746
0.995267 0.254346 0.992293
0.160822 0.689054 0.001270
0.995907 0.760753 0.498354
0.159742 0.192300 0.491958
0.811206 0.761223 0.997857
0.325692 0.125479 0.987935
0.656355 0.695175 0.503322
0.656596 0.199917 0.991605
0.487990 0.763078 0.627771
0.845518 0.645378 0.347890
0.623474 0.895186 0.185946
0.616379 0.395875 0.308861
0.093745 0.991831 0.185467
0.092669 0.494591 0.309957
0.847697 0.118765 0.113434
0.475636 0.251449 0.875207
0.327510 0.787484 0.116764
0.720411 0.975740 0.706398
0.200804 0.880147 0.683027
0.975416 0.612789 0.852917
0.986131 0.108285 0.644081
0.204805 0.364607 0.830780
0.718464 0.496262 0.817031
0.323904 0.257705 0.340590
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
BESTgatheredPOSCARS — 每一代中最好的结构。
gatheredPOSCARS_unrelaxed — 由USPEX产生，但未经过结构弛豫的结构。
enthalpies_complete.dat — 给出每一个结构每一步弛豫的焓值。
origin — 显示所有结构的产生方式及相关信息。 例如:
ID Origin Enthalpy Parent-E Parent-ID
1 Random -23.395 -23.395 [ 0]
2 Random -23.228 -23.228 [ 0]
3 Random -23.078 -23.078 [ 0]
4 Random -23.195 -23.195 [ 0]
5 Random -23.155 -23.155 [ 0]
6 Random -22.970 -22.970 [ 0]
7 Random -23.131 -23.131 [ 0]
8 Random -23.017 -23.017 [ 0]
9 Random -23.117 -23.117 [ 0]
10 Random -23.195 -23.195 [ 0]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
gatheredPOSCARS_order — gatheredPOSCARS的内容基本相同， 额外给出了每个原子的局域有序度参量值(Ref. 。例如：
EA1 9.346 8.002 2.688 90.000 90.000 90.000 Sym.group: 1
1.0000
9.346156 0.000000 0.000000
0.000000 8.002181 0.000000
0.000000 0.000000 2.688367
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.487956 0.503856 0.516443 1.1399
0.777565 0.007329 0.016443 1.1399
0.987956 0.507329 0.016443 1.1399
0.277565 0.003856 0.516443 1.1399
0.016944 0.178753 0.016443 1.1915
0.019294 0.833730 0.516443 1.2474
0.746227 0.333730 0.516443 1.2474
0.748577 0.678753 0.016443 1.1915
0.516944 0.832431 0.516443 1.1915
0.519294 0.177455 0.016443 1.2474
0.246227 0.677455 0.016443 1.2474
0.248577 0.332431 0.516443 1.1915
0.416676 0.241774 0.516443 1.2914
0.559871 0.674713 0.016443 1.1408
0.205650 0.174713 0.016443 1.1408
0.348845 0.741774 0.516443 1.2914
0.613957 0.380343 0.016443 1.2355
0.804054 0.542164 0.516443 1.2161
0.113957 0.630842 0.516443 1.2355
0.304054 0.469021 0.016443 1.2161
0.848845 0.269411 0.016443 1.2914
0.705650 0.836472 0.516443 1.1408
0.059871 0.336472 0.516443 1.1408
0.916676 0.769411 0.016443 1.2914
0.651564 0.130842 0.516443 1.2355
0.461467 0.969021 0.016443 1.2161
0.151564 0.880343 0.016443 1.2355
0.961467 0.042164 0.516443 1.2161
EA2 9.487 4.757 4.580 90.243 90.188 89.349 Sym.group: 1
1.0000
9.486893 0.000000 0.000000
0.054041 4.756769 0.000000
-0.014991 -0.019246 4.579857
Mg Al O
4 8 16
Direct
0.499837 0.633752 0.011361 0.9368
0.500082 0.131390 0.482012 1.0250
0.813573 0.257696 0.494520 0.9805
0.326111 0.625491 0.501746 0.9437
0.995267 0.254346 0.992293 0.9241
0.160822 0.689054 0.001270 1.1731
0.995907 0.760753 0.498354 0.9696
0.159742 0.192300 0.491958 1.2666
0.811206 0.761223 0.997857 1.0215
0.325692 0.125479 0.987935 1.0353
0.656355 0.695175 0.503322 1.2291
0.656596 0.199917 0.991605 1.2547
0.487990 0.763078 0.627771 1.1199
0.845518 0.645378 0.347890 0.9725
0.623474 0.895186 0.185946 0.9990
0.616379 0.395875 0.308861 1.0141
0.093745 0.991831 0.185467 1.1451
0.092669 0.494591 0.309957 1.1164
0.847697 0.118765 0.113434 0.8821
0.475636 0.251449 0.875207 1.0609
0.327510 0.787484 0.116764 1.0451
0.720411 0.975740 0.706398 0.9539
0.200804 0.880147 0.683027 0.9398
0.975416 0.612789 0.852917 1.1191
0.986131 0.108285 0.644081 0.9803
0.204805 0.364607 0.830780 1.0915
0.718464 0.496262 0.817031 1.0663
0.323904 0.257705 0.340590 1.1471
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
goodStructures_POSCARS and extended_convex_hull_POSCARS — 这两个文件分别与定成分和变成分预测对应。这两个文件列出了能量较优的结构，以稳定性递减的顺序展示：从最稳定的结构开始，到最不稳定的。
compositionStatistic — 总计所有结构的化学成分并依据产生这些结构的方法统计结构数量。例如：
Comp/Ratio Total Random Heredity Mutation Seeds COPEX Best/Convex
[ 0.0000 1.0000 ] 30( 63) 21 8 1 0 0 33
0 8 4( 4) 2 2 0 0 0 0
0 9 2( 2) 2 0 0 0 0 0
0 10 5( 5) 3 2 0 0 0 0
0 11 2( 2) 0 1 1 0 0 0
0 12 6( 35) 6 0 0 0 0 29
0 13 2( 3) 1 1 0 0 0 1
0 14 0( 0) 0 0 0 0 0 0
0 15 2( 2) 2 0 0 0 0 0
0 16 5( 8) 5 0 0 0 0 3
0 3 1( 1) 0 1 0 0 0 0
0 4 1( 1) 0 1 0 0 0 0
[ 0.1250 0.8750 ] 52( 52) 32 9 11 0 0 0
1 7 20( 20) 4 8 8 0 0 0
2 14 32( 32) 28 1 3 0 0 0
[ 0.1111 0.8889 ] 25( 25) 9 14 2 0 0 0
1 8 25( 25) 9 14 2 0 0 0
[ 0.1000 0.9000 ] 16( 16) 9 5 2 0 0 0
1 9 16( 16) 9 5 2 0 0 0
[ 0.0909 0.9091 ] 11( 11) 5 4 2 0 0 0
1 10 11( 11) 5 4 2 0 0 0
[ 0.0833 0.9167 ] 17( 17) 8 2 7 0 0 0
1 11 14( 14) 8 2 4 0 0 0
2 22 3( 3) 0 0 3 0 0 0
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
graphical files (*.pdf) — 结果快速分析文件:
Energy_vs_N.pdf (Fitness_vs_N.pdf) — 能量（适应度）与结构序号的函数；
Energy_vs_Volume.pdf — 能量与体积的函数；
Variation-Operators.pdf —子代与亲代的能量对比；不同的颜色对应不同的运算方法（此图可用于评估不同的变异运算的结果)；
E_series.pdf — 弛豫的第 
步和第 
步的能量关系；有助于发现问题和改进弛豫文件输入。
对于可变成分有另外的图extendedConvexHull.pdf，用于显示形成焓与组分的函数。
compositionStatistic.pdf — visualization of compositionStatistic file.
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USPEX 10.2 manual | |
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