: TPS方法的Input设置

6.5 TPS方法的Input设置

TPS方法目前只能用LAMMPS和CP2K（很快就能使用）指令。

为了启动TPS模型，必须：

设置
TPS : calculationMethod
在Seeds/文件中创造一个新的MD文件，这个新的MD文件对应于LAMMPS 是lammps.restart，或对应于CP2K是cp2k.restart。
创造一个有序的参数计算脚本或用USPEX的指纹作为默认值。（下面有具体细节）。
设置下面的TPS选项：

$\triangleright$ variable numIterations

Meaning: TPS步数的最大值.

Default: 1000

Format:

500 : numIterations

$\triangleright$ variable speciesSymbol

Meaning: 描述所有化学种类（原子或分子）的特性.

Default: 无默认值

Format:

% speciesSymbol CH4 Si O % EndSpeciesSymbol

注意: 在TPS中，我们用speciesSymbol和 numSpecies代替atomType来表示分子组成的种类。比如，我们可以用：

% numSpecies 1 648 1296 % EndNumSpecies % speciesSymbol CH4 Si O % EndSpeciesSymbol

来研究甲烷分子(CH $_4$ )在二氧化硅沸石(SiO $_{2}$ )中的扩散。在这个例子中，甲烷分子将被看做完整的颗粒写入LAMMPS的MD input文件中。

$\triangleright$ variable mass

Meaning: 每个物种的集合。

Default: 默认值和物种有关

Format:

% mass 16.000 % EndMass

$\triangleright$ variable amplitudeShoot

Meaning: 在shooting运算中为A $\rightarrow$ B 和B $\rightarrow$ A 方向分配的动量的振幅

Default: 0.1 0.1

Format:

% amplitudeShoot 0.12 0.12 % EndAmplitudeShoot

$\triangleright$ variable magnitudeShoot

Meaning: 当获取MD轨迹成功或失败时，分别增加或减少分配的动量振幅的大小。

Default: 1.05 1.05

Format:

% magnitudeShoot 1.0 1.05 % EndMagnitudeShoot

注意: 除非用户对特殊体系有经验，否则我们强烈建议用这个选项自动适应动量振幅的分配。

$\triangleright$ variable shiftRatio

Meaning: shooter操作成功后又进行移动操作的比例。

Default: 0.1

Format:

0.5 : shiftRatio

$\triangleright$ variable orderParaType

Meaning: 区分不同相的有序参数计算方法:

“0” — 用户定义计算有序参数的方法，需在cmdOrderParameter提供一个脚本；
“1” — 指纹法 (Oganov & Valle, 2009).

Default: No default

Format:

0 : orderParaType

$\triangleright$ variable opCriteria

Meaning: 这里有两个值分别说明对与初始和最终态相似的容许程度。如果一个或两个轨迹导致不同的最终结构，这样的轨迹在TPS法中将被遗弃。

Default: 无默认值

Format:

% opCriteria -0.1 0.1 % EndOpCriteria

Note: 如果用指纹法，体系越大，就该有越严格的环境。例如，当当研究fcc $\rightarrow$ hcp的相变时，如果有1000个原子时，应设opCriteria=[ 0.995, 0.995 ]；当超过3000个原子时， opCriteria=[ 0.998, 0.998 ]。

$\triangleright$ variable cmdOrderParameter

Meaning: 用户定义要求计算有序参数。如果用指纹法时就不用。

Default: 无默认值

Format:

% cmdOrderParameter ./extractOp.sh % EndCmdOrderParameter

$\triangleright$ variable cmdEnthalpyTempture

Meaning: 用户自定义命令从MD结果提取焓和温度。

Default: No default

Format:

% cmdEnthalpyTempture ./extractHT.sh % EndCmdEnthalpyTempture

$\triangleright$ variable orderParameterFile

Meaning: 一个MD计算的文件名存储有序参数历史以便TPS读取。

Default: fp.dat

Format:

op.dat : orderParameterFile

$\triangleright$ variable enthalpyTemptureFile

Meaning: 一个MD计算的文件名存储焓和稳定历史以便TPS读取或用户定义脚本的分析。

Default: HT.dat

Format:

HT0.dat : enthalpyTemptureFile

$\triangleright$ variable trajectoryFile

Meaning: 文件名存储MD轨迹。这个名字需和MD轨迹的output文件名计算一致。

Default: traj.dat

Format:

trajectory.xyz : trajectoryFile

$\triangleright$ variable MDrestartFile

Meaning: 文件名存储计算MD重启文件以便TPS读取。这个名字需和MD新建文件在计算中的名字一致。

Default: traj.restart

Format:

lammps0.restart : MDrestartFile