5.4 变成分代码

切换为变成分模式,必须:

  1. 设置 301311201 : 计算类型

  2. numSpecies下设置结构组成 (参照numSpecies的说明书)。

  3. Latticevalues设置每种类型原子(或每个组成块)粗略的原子体积。

  4. 设置下面的varcomp-only选项:

$\triangleright $ variable firstGeneMax

Meaning: 第一代抽取多少不同的组分。如果是0, 这个数值就等于initialPopSize/4。对于二元的,要求firstGeneMax=11, 对于三元,需要更高的值,比如30。

Default: 11

Format:

10 : firstGeneMax

$\triangleright $ variable minAt

Meaning: 第一代单胞的最小原子数 (对于calculationType=301/201/300)或分子数(对 于calculationType=311)。

Default: 无默认值

Format:

10 : minAt

$\triangleright $ variable maxAt

Meaning: 第一代单胞的最大原子数(对于 calculationType=301/201/300或META计算)或分子 数(对于calculationType=311)。

Default: No default

Format:

20 : maxAt

$\triangleright $ variable fracTrans

Meaning: 通过原子替换获得的结构所占的百分比。这个过程中,一个随机 选取的原子被系统中其他化学成分的原子取代—新的化学组成由默认随机选取,或者 你可以在specificTrans下定义它,就像明确的置换。

Default: 0.1

Format:

0.1 : fracTrans

$\triangleright $ variable howManyTrans

Meaning: 结构中被替换原子的最大百分比(0.1 = 10%)。 要替换的原子的百分比从0到howManyTrans随机选取。

Default: 0.2

Format:

0.2 : howManyTrans

$\triangleright $ variable specificTrans

Meaning: 允许替换的种类。

Default: 空行(没有特定的替换))

Format:

% specificTrans
1 2
% EndTransSpecific

注意: 在这种情况下,原子1可以被转变成原子2,反之原子2也可以 被转变成原子1. 如果你想尝试所有的变形可能,在这一关键块下留下空行。

变成分案例在运行时,参数keepBestHM有新含义–凸包(比如,多成分系统的热力学稳定状态) 图上的所有结构保留,连同convex hull附近的一些亚稳结构–总量是keepBestHM

对于变成分的运行,明智地设置第一代尤其重要。选择适当大的初始代的大小 initialPopSize.为不同组成的firstGeneMax选取合理大的数值作为第一代的样品。 最后,minAtmaxAt的差异不超过2倍,而且不同的体系大小你可能需要少量的 计算:比如,4–8, 8–16, 16–30原子,等等。

\includegraphics[scale=0.4]{pic/NaCl}
11: Convex hull diagram for Na-Cl system at selected pressures. Solid circles represent stable compounds; open circles — metastable compounds.

给VASP用户一个附加意见—如果你想完成一个变成分的运行,拿Na-Cl体系来说, 你需要确定INPUT.txt中给出了正确的原子类型,并且将赝势文件 POTCAR_NaPOTCAR_Cl放入文件夹 $\sim $/StructurePrediction/Specific/。USPEX将识别每个原子并且适当选取 每个原子的POTCAR文件进行计算。图Fig. 11展示了USPEX发现的且被实验 证实的热力学稳定的氯化钠。