8.4 如何使用碎片特色?

这个技术非常有用。有时你已经知道一些比较复杂的结构是由一些熟知的结构元组成(例如B),但是 你不确定这些熟知的结构元在一定的条件下会不会变形。你可以告诉程序只产生基于 组成的结构。 同时,你依然可以使用标准的方式去产生子代结构(例如遗传和变异),也就是程序以原子晶体的方式 对待这些子代结构,因此可以打破原先定义好的结构元。

你仅仅需要通过准备一个普通的INPUT.txt就能激活这一功能,


% atomType
B
% EndAtomType

% numSpecices
48
% EndNumSpecices

假设你想要产生基于B十二面体的结构,那么需要增加一个MOL_1文件

B12_[4]
Number of atoms: 12
B  -1.591325  -0.618615  -0.217220     0 0 0   0
B  -0.574110  -0.095870  -1.619670     1 0 0   0
B  -1.211325   1.134555  -0.455665     2 1 0   0
B  -1.158010   0.414740   1.203810     3 2 1   0
B  -0.487865  -1.260560   1.065420     4 3 1   0
B  -0.126980  -1.576135  -0.679575     5 4 1   0
B   0.487845   1.260560  -1.065430     3 2 1   0
B   0.127000   1.576130   0.679585     4 3 1   0
B   0.574120   0.095870   1.619670     5 4 1   0
B   1.211315  -1.134555   0.455685     6 5 1   0
B   1.158015  -0.414735  -1.203800     2 6 1   0
B   1.591320   0.618615   0.217195     7 8 3   0

这个文件的格式在中已经进行了说明。唯一的不同就是我们需要在开头 添加一些额外的信息。[4]表示的是将会使用四个MOL_1 (B12),这与INPUT.txt里48个B原子是一致的。 而且必须与INPUT.txt里的设置对应。否则,即使你在INPUT.txt里添加了额外的MOL_x文件,碎片功能也 不会被激活。如果你的设置是正确的,将会在OUTPUT.txt中看到碎片功能被使用的信息。

对于二维晶体,在这种情况下你需要去指定两个厚度。

4.0   : thicknessS (it specifies the overall thickness of 2D crystal )
0.0   : thicknessB (it specifies the thickness of the molecular centers)

目前,可以再模块300和-200中使用这一功能。注意你无法同时使用单块体和片段功能。 强烈推荐,晶胞参数已知的情况下,在定胞模块中使用这一功能。